根据国务院的总体部署和要求，国家发展改革委和科技部牵头，会同教育部、工业和信息化部、交通运输部、环境保护部、农业部、铁道部、水利部、质检总局、知识产权局、中科院和工程院等单位，研究编制了《“十二五”国家自主创新能力建设规划》（以下简称《规划》），目前已经国务院批准印发（国发[2013]4号）。《规划》是我国历史上第一部系统部署加强自主创新能力建设的规划和指导性文件，对贯彻落实国家创新驱动发展战略具有重要意义。 
　　《规划》的指导思想着力体现党中央、国务院的决策部署和要求，强调“十二五”时期要坚持以邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观为指导，着眼国家全局性和长远性发展需求，实施创新驱动发展战略，以体制机制改革为保障，统筹创新能力布局，加强自主创新的物质技术基础和人才队伍建设，促进创新资源合理配置，增强创新主体动力和全社会创新活力，更加注重协同创新，全面提升原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新的能力和水平，加快创新型国家建设，为经济社会发展提供有力保障。 
　　为加强指导思想的统领作用，更好地凝炼重点，《规划》从三个方面对自主创新能力建设的重点、任务和方向做出总体部署。一是把支撑科技跨越发展放在突出位置，要求重点推进科学研究实验设施建设，加强科技资源整合共享和高效利用，健全国家标准、计量和检测技术体系；二是把支撑经济社会创新发展作为主攻方向，要求注重加快推进重点产业关键核心技术研发和工程化能力建设，提升重点社会领域创新能力和公共服务水平，构建各具特色、协调发展的区域创新体系；三是把创新主体、创新人才和制度环境等作为自主创新能力的基础，要求最大限度地提高创新的效率和经济社会效益。总体部署主要起承上启下的作用，以使指导思想、建设目标和重点任务、政策措施能有机衔接起来。 
　　规划采用定性和定量相结合的方式，兼顾预期性和可考核性，分别从创新基础条件建设、重点领域创新能力、创新主体实力、区域创新能力布局、创新环境等五个方面，提出了到“十二五”末要达到的具体目标。 
　　一是创新基础条件建设布局更加合理。投入运行和在建的重大科技基础设施总量接近50个，形成一批世界一流的科学中心。重点建设和完善100家国家工程中心，新建若干家国家工程（重点）实验室，认定一批国家级企业技术中心，产业技术创新、重大技术装备研制和重点工程设计的支撑条件更加完善。 
　　二是重点领域创新能力明显提升。农业、制造业、战略性新兴产业、能源和综合交通运输等产业创新能力大幅提升，教育、医疗卫生、文化和公共安全等社会领域创新能力建设取得重要进展。 
　　三是创新主体实力明显增强。企业技术创新主体地位进一步强化，大中型工业企业研发投入占主营业务收入比例达到1.5%，一批创新型企业进入世界500强。建成若干一流科研机构，创新能力和研究成果进入世界同类科研机构前列；建设一批高水平研究型大学，一批优势学科达到世界一流水平，关键核心技术的有效供给能力明显提升。 
　　四是区域创新能力布局不断优化。初步形成东中西部分工协作、功能互补、多层次合作的区域创新体系。区域性创新服务平台建设得到加强。 
　　五是创新环境更加完善。创新人才队伍结构更加合理，涌现一批高端创新人才、工程技术人才和创新服务人才，每万名就业人员的研发人力投入达到43人年。知识产权保护得到切实加强。每万人发明专利拥有量提高到3.3件，专利质量和专利技术实施率明显提高。